Secondo me dovresti scegliere, o la sicilia orientale o quella occidentale.
Io a Palermo sono sempre andato in traghetto da Napoli quindi non saprei dirti se sia ben collegata ma a occhio la traversata Palermo-Agrigento mi sembra faticosa.
Io opterei per la sicilia Orientale, i voli per Catania sono di solito molto più economici, e da catania aeroporto puoi agevolmente raggiungere sia siracusa che ragusa che la valle di Noto, oltre a Taormina e tutta la zona marina
Io farei due tre giorni a Catania, che comunque merita, poi andrei a sud, Marzameni e Siracusa, poi Val di Noto, Ragusa, Donnafugata, poi rienro a Catania e la zona etnea. Tra l'altro in questi giorni c'è l'eruzione e lo spettacolo, anche da lontano, è notevole