coronavirus

Aperto da paolo71, 21 Feb 2020, 13:07

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vaz

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Peró è gene expression. Ace2 ha mi sembra 7 isoforme diverse, con splicing alternativo. Alla fine occorre vedere sempre vedere le proteine: magari è espressa meno nel polmone, ma l'isoforma che sta lí ha affinità maggiore per il virus.


vaz

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Citazione di: FatDanny il 13 Apr 2020, 09:06
Scusate, forse mi sono perso commenti relativi a questo ieri, ma commenti su quanto sostiene bucci in merito al vaccino cinese arrivato già in fase 2?

vediamo, il 9 hanno fatto questa disclosure:

https://www1.hkexnews.hk/listedco/listconews/sehk/2020/0409/2020040900342.pdf

Ad5-nCoV is a genetic engineered vaccine candidate with the replication-defective adenovirus type 5 as the vector to express SARS-CoV-2 spike protein, which intends to be used to prevent the disease caused by the novel coronavirus infection, the company said in its filing. Ad5-nCoV is built upon CanSino BIO's adenovirus-based viral vector vaccine technology platform, which has also been successfully applied to develop the globally innovative vaccine against Ebola virus infection.

The vaccine candidate was moved into clinical trials last month following preclinical animal studies that showed Ad5-nCoV can induce a strong immune response in animal models. Preclinical animal safety studies demonstrated a good safety profile. When the outbreak began in China, CanSino said it sprang into action to begin developing a vaccine at the beginning of 2020.

Citing a regulatory protocol publication, Fierce reported that the Phase II trial will include 500 healthy participants. The mid-stage trial will not include a high dose that was included in Phase I but will move forward with a mid-level and low-level dose. The dosing will be split evenly between the 500 participants. Following dosing, CanSino said it hopes to see the presence of COVID-19 antibodies in patients on day 28 following vaccination. The patients will be followed for six months following vaccination.

qui c'è il post di fiercepharma

https://www.fiercepharma.com/vaccines/china-s-cansino-bio-advances-covid-19-vaccine-into-phase-2-preliminary-safety-data

noneinparticular

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Intanto a seguito delle domande e dubbi che da più parti stanno arrivando sulla origine e tempi della prima trasmissione umana, il governo cinese ha imposto un ulteriore livello di censura sugli studi scientifici pubblicati sul covid.

https://www.google.com/amp/s/amp.cnn.com/cnn/2020/04/12/asia/china-coronavirus-research-restrictions-intl-hnk/index.html

vaz

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mi sembra un articolo della zucchelli, un sacco de illazioni e potrebbero, sarebbero ecc.

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aaronwinter

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Citazione di: Tarallo il 12 Apr 2020, 08:24
Intanto il premier svedese ammette l'errore e fa mea culpa.

Dal Guardian, ora.

27m ago 08:52

The crowds that swarm Stockholm's waterfront would be frowned upon, or even banned in much of the world, but not in Sweden.

It doesn't worry Anders Tegnell, the country's chief epidemiologist and top strategist in the fight against the coronavirus pandemic.

The 63-year-old has become a household name in Sweden, appearing across the media and holding daily briefings outlining the progression of the outbreak.

As countries across Europe have restricted the movement of their citizens, Sweden stands out for what Tegnell calls a low-scale approach that is much more sustainable over a longer period.

President Donald Trump has suggested that a rising number of Covid-19 deaths indicate Sweden is paying a heavy price for embracing the idea of herd immunity that is, letting many individuals get sick to build up immunity in the population.

He said: Sweden did that – the herd. They called (it) the herd. Sweden is suffering very, very badly. It's a way of doing it.

But Swedish Health Minister Lena Hallengren recently told The Associated Press: We have never had a strategy for herd immunity.

Davy_Jones

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 09:39
Peró è gene expression. Ace2 ha mi sembra 7 isoforme diverse, con splicing alternativo. Alla fine occorre vedere sempre vedere le proteine: magari è espressa meno nel polmone, ma l'isoforma che sta lí ha affinità maggiore per il virus.


secondo me le differenze in tpm sono talmente abissali che per colmarle non so se bastano affinita' maggiori, servono proprio copy numbers di proteine. e i livelli di proteine sembrano comportarsi circa come i livelli di trascritti: https://www.proteomicsdb.org/proteomicsdb/#protein/proteinDetails/79635/expression
(poi non mi aspetto grosse differenze di affinity a covid fra le isoforme perche' alla fine non sono selezionate per fare quello, pero' non so: trovo solo 2 isoforme e non ci sono grosse differenze ma dovrei guardare meglio.)
pero' per quello postavo ace. ace (proteina), leggevo ieri, lega covid con affinita' piu' bassa di ace2 (non ricordo se il 20% o qualcosa del genere) e nel lung ce n'e' tanta.
quindi the plot thickens: covid preferisce ace2 e il piu' delle volte colonizza i posti dove ce n'e' tanta  (intestino), il che da' gli asintomatici. pero' puo' finire nel lung, o perche' si lega (meno volentieri) ad ace (sintomi lievi) o perche' ci sono dei soggetti che hanno tanto ace2 nel lung (casi severi).
fra l'altro pensavo che se gli asintomatici sono intestinali questo dovrebbe cambiare il loro modo di trasmettere il virus. o no? come si trasmette un virus intestinale?

Davy_Jones

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(comunque io la butto li'. una volta dovremmo scrivere un paper insieme. non dico sul covid, dico un paper su qualcosa ragionevole e divertente. cazzeggio ma serio. secondo me fra biologi, fisici, matematici e altro je la possiamo fa' a trova' qualcosa di divertente per tutti.)

noneinparticular

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 10:22
mi sembra un articolo della zucchelli, un sacco de illazioni e potrebbero, sarebbero ecc.

I post comparsi e poi eliminati dopo che la cnn li ha contattati per chiarimenti non sono congetture e dicevano esattamente quanto riportato nell'articolo ovvero che da ora in poi tutte le ricerche su covid devono subire un vetting preventivo prima di essere condivise. Medici cinesi sono stati intervistati dal south china post settimane fa, ma sicuramente sono tutte illazioni. I dati epidemiologici e la logica puntano tutte in una direzione che è quella di una gestione delle informazioni in uscita per usare un eufemismo. Gli americani dicono if it walks like a duck and swims like a duck and quacks like a duck, it's a duck.

A me pare che il problema non sia La zucchelli ma che si è più realisti del re in certi giudizi, ma saranno sicuramente illazioni che ti devo dire

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vaz

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Citazione di: noneinparticular il 13 Apr 2020, 11:36
I post comparsi e poi eliminati dopo che la cnn lo ha contattati per chiarimenti non sono congetture e dicevano esattamente quanto riportato nell'articolo ovvero che da ora in poi tutte le ricerche su covid devono subire un vetting preventivo prima di essere condivise. Medici cinesi sono stati intervistati dal south china post settimane fa, ma sicuramente sono tutte illazioni. I dati epidemiologici e la logica puntano tutte in una direzione che è quella di una gestione delle informazioni in uscita per usare un eufemismo. Gli americani dicono if it walks like a duck and swims like a duck and quacks like a duck, it's a duck.

A me pare che il problema non sia La zucchelli ma che si è più realisti del re in certi giudizi, ma saranno sicuramente illazioni che ti devo dire

Senti, io a te non me te so mai inculato de striscio. Il fatto che in ogni post debba concludere con un giudizio verso gli altri è abbastanza antipatico.

Sarò più realista del re, a me pare che l'occidente abbia preso una suonata dalla Cina su come gestire il virus. E quindi adesso sa quello che sa fare meglio: cercare il discredito.

Tarallo

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E l'occidente abbocca con immenso piacere.

MisterFaro

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Citazione di: aaronwinter il 12 Apr 2020, 22:33
@MisterFaro (e tutti gli interessati)
Titolo un po' fuorviante, ma dati interessanti

Coronavirus, al Nord decessi aumentati fino al 195% rispetto al solito. Il Sud si ferma al 10%

Il record a Brescia. Milano è a più 87% negli ultimi 36 giorni. I dati del ministero della Salute e del Dipartimento di epidemiologia del Lazio che hanno analizzato i decessi in 19 capoluoghi
di MICHELE BOCCI

ROMA - Un eccesso di mortalità, cioè più decessi di quelli che erano attesi osservando l'andamento degli ultimi cinque anni. In due città della Lombardia in poco più di un mese si osserva, andando a vedere i registri delle anagrafi dei Comuni, un forte aumento. Percentualmente il dato più alto riguarda Brescia, dove le morti sono state il 195% in più. Significa che analizzando 36 giorni, fino al primo aprile sono decedute in tutto 550 persone invece delle 170 attese. La differenza è di 331. A Milano ovviamente il dato assoluto di decessi per Covid 19 è più alto, anche se la percentuale di incremento è dell'87%. Sono 1.127 le persone delle quali non era previsto il decesso, se si considerano 39 giorni fino al 3 di questo mese. In tutto, nella metropoli hanno infatti perso la vita in 2.426 invece che in 1.299 come dicevano le stime.

I calcoli li ha fatti, per il ministero alla Salute, il Dipartimento di epidemiologia del Lazio, che ha messo in piedi da anni un sistema per valutare la mortalità legata all'influenza stagionale utilizzando i dati delle anagrafi di 19 città capoluogo di provincia o comunque con più di 250 mila abitanti. Tra queste ci sono anche Torino, dove i morti in 38 giorni sono stati 449 in più di quelli attesi (+49%), e Genova, dove il dato è di 537 (+71) e si riferisce a 34 giorni fino al 3 aprile. "I dati del sistema di sorveglianza della mortalità del ministero della Salute, che aggiorniamo settimanalmente sono un importante strumento di monitoraggio dell'impatto diretto e indiretto dell'epidemia di Covid perché non risente delle diverse modalità di identificazione dei casi Covid sia tra le regioni che in tempi diversi", dice Marina Davoli, che dirige il dipartimento.

Le altre città osservate con lo stesso sistema al Nord sono Bolzano (+55%), Trento (+44%), Aosta (+126%), Verona (+33%), Venezia (+15%), Bologna (+32%). Riguardo al Sentro-Sud, si rileva il dato di Roma, che dimostra come nella città l'epidemia di coronavirus non abbia colpito duramente. Infatti i decessi hanno visto un +5% compatibile con le oscillazioni annuali. L'unica città del Sud a vedere un grande incremento è Bari, con +67%, cioè 147 morti inattesi. Se si fa il confronto di tutte le città del Nord studiate rispetto a quelle del Centro-Sud si osserva che l'aumento è stato del 65% (2.821 morti) contro il 10% (398).

"Nell'ultima settimana presa in considerazione - scrivono dal dipartimento del Lazio - si osserva un rallentamento della curva di decessi settimanali. Tale rallentamento sembra ascrivibile soprattutto ai decessi nelle classi di età 65-74 e 75-84. Solo nella classe di età sopra gli 85 anni i decessi sono in ulteriore aumento". Riguardo al genere, i numeri confermano il ruolo del coronavirus nell'aumento. "L'incremento di mortalità è pari all'82% negli uomini e  al 57% nelle donne al Nord".

https://www.repubblica.it/cronaca/2020/04/12/news/coronavirus_contagi-253804404/

Si, grazie. Del Sistema nazionale di sorveglianza della mortalità giornaliera (SiSMG) ne avevo parlato in un precedente post. Conosco chi ci lavora e sono molto bravi e scrupolosi, si basa sui dati giornalieri  (senza dettaglio per causa) di  34 città (capoluoghi di regione e città con oltre 250,000 abitanti: Aosta, Bolzano, Trento, Torino, Milano, Brescia, Verona, Padova, Venezia, Trieste, Genova, Bologna, Firenze, Perugia, Ancona, Roma, Rieti, Viterbo, Civitavecchia, Frosinone, Latina, L'Aquila, Pescara, Napoli Campobasso, Potenza, Bari, Taranto, Cagliari, Catanzaro, Reggio Calabria, Palermo e Messina; e copre circa il 20% della popolazione Italiana). In questa fase non riesce a dare informazioni su Bergamo ma è comunque una fonte molto utile. Letta insieme ai dati giornaliera rilasciati da Istat su un insieme di Comuni in cui è stata rilevato un aumento anomalo di decessi e a quelli della Protezione Civile sui riscontrati positivi al test, direi che si ha una idea abbastanza completa della situazione.

In questa pagina ci sono molte informazioni utili sui dati di mortalità, compresi link a fonti esterne all'Istat:
https://www.istat.it/it/archivio/240401

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 11:41

Sarò più realista del re, a me pare che l'occidente abbia preso una suonata dalla Cina su come gestire il virus. E quindi adesso sa quello che sa fare meglio: cercare il discredito.

Quindi secondo te i dati che si stanno confermando sono in linea con quanto ci si potrebbe aspettare? Non ci sono ragioni per avere dubbi e i posts dei dottori cinesi sono creati dai governi occidentali per discreditare il governo cinese noto per la sua trasparenza?


Davy_Jones

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 11:37
@DJ tiè

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.07.024752v1




lo leggero' meglio, ma:

Overall, ACE2 variants are rare, consistent with the lack of selection pressure given the recent history of SARS-CoV epidemics, however, are likely to play an important role in altering susceptibility to CoVs.


la testa della frase e' un cavallo, la coda e' un leone. quale delle due? poi ste isoforme non dicono dove stanno e certezze sull'affinity non ne danno ("These variants are likely to either increase or
decrease the binding affinity of ACE2 to the S-protein and thereby alter the ability of the
virus to infect the host cell.
"). non lo so.

vaz

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Sisi era per dare un po' di complessità alla trama :D

Davy_Jones

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 12:02
Sisi era per dare un po' di complessità alla trama :D

menjo che non te dico a che punto so arrivato...  :beer:

vaz

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AquiladiMare

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 11:41
Senti, io a te non me te so mai inculato de striscio. Il fatto che in ogni post debba concludere con un giudizio verso gli altri è abbastanza antipatico.

Sarò più realista del re, a me pare che l'occidente abbia preso una suonata dalla Cina su come gestire il virus. E quindi adesso sa quello che sa fare meglio: cercare il discredito.

Più che cantonata, direi che in Cina quando hanno chiuso, ha messo tutti ai domiciliari. Chi era positivo veniva portato via con la forza e messo in quarantena..

Quello è stato il lockdown assoluto ma non riproducibile in occidente (e per fortuna)

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Tarallo

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Incredibile, esce una domanda, appare il paper Nature.
Grande vaz.
Sembra che varianti alleliche di ACE2 non giochino un ruolo evidente, come potrebbero invece diversi livelli di espressione. Ma ci sono tanti altri fattori nella catena che porta alla tossicità di SARS-CoV2, altri SNPs potrebbero risultare importanti.
Per me questo sarà uno degli aspetti più complessi da decifrare.

NiHaoLazio

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Citazione di: vaz il 13 Apr 2020, 11:41
Senti, io a te non me te so mai inculato de striscio. Il fatto che in ogni post debba concludere con un giudizio verso gli altri è abbastanza antipatico.

Sarò più realista del re, a me pare che l'occidente abbia preso una suonata dalla Cina su come gestire il virus. E quindi adesso sa quello che sa fare meglio: cercare il discredito.


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