André Dias ha fatto la sua prima apparizione nel grande calcio nella Copa São Paulo de Futebol Júnior nel 1998, quando militava tra le file della Palestra de São Bernardo. Viene ingaggiato così dal Paraná e successivamente dal Flamengo. Dopo la breve parentesi nella squadra rossonera, André Dias vive altre due esperienze, prima nel Paysandu e poi nel Goiás.
San Paolo
Con il San Paolo conquista il posto da titolare e diviene una delle colonne della difesa, nonché capitano, del club paulista, con il quale vince tre campionati brasiliani tra il 2006 ed il 2008. Nel 2008 e nel 2009 si aggiudica la Bola de Prata della rivista Placar, riconoscimento stagionale ai migliori undici giocatori della Série A brasiliana.
Il 1º febbraio 2010 viene acquistato dalla Lazio a titolo definitivo per 2,5 milioni di euro. Ha firmato un contratto che lo legherà al club capitolino fino al 2013.